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苹果手机里的短信可能会自动消失的原因有多种，包括以下几种可能。
1、iMessage同步问题：如果开启了iMessage同步功能，在两个或多个苹果设备之间切换时，短信可能会同步，有时由于同步产生的冲突，可能会导致短信消失，可以尝试关闭iMessage同步功能或重新登录Apple ID来解决此问题。
2、短信被删除：可能是手动或自动删除，通过某种方式误删短信，或者手机自动清理存储空间的操作也可能导致短信消失，一些清理软件或病毒也可能导致短信被删除。
3、系统错误或bug：在某些情况下，系统自身的错误或bug也可能导致短信消失，可以尝试重启手机或更新系统版本来解决此问题。
4、存储空间不足：如果手机的存储空间不足，可能会自动删除部分短信以腾出空间，可以尝试清理不需要的文件或应用，或者购买更大的存储空间。
如果以上方法都不能解决问题，建议备份手机数据并尝试恢复系统出厂设置，或联系苹果官方客服寻求帮助，在尝试解决问题时，请确保备份所有重要数据以防止丢失。